A través de una sesión de ouija, la familia Simpson y Ned Flanders logran rescatar el alma atormentada de Mod, la esposa difunta de este último. El espectro, primero cándido pero que luego mutará en tremendamente siniestro, sacará un libro de relatos de terror titulado The Simpsons Treehouse of Horror 13, anunciando así el especial que veremos a continuación.
En la primera de las historias, Send in the Clones —título que hace referencia a la canción del grupo de rock americano Cold Send in the Clowns (“Envíen a los payasos”)—, Homer logra crear clones a su imagen y semejanza —aunque mucho más bobos, por mucho que cueste creerlo— debido a una hamaca mágica (!), logrando que hagan por él todas las tareas ingratas de la casa, convirtiéndose en un remedo del Michael Keaton de la película Mis dobles, mi mujer y yo (Multiplicity, Harold Ramis, 1996). Pero la cosa se le escapa de las manos y sus clones comienzan a duplicarse por sí mismos, invadiéndolo todo y creando extrañas mutaciones —entre las que se encuentran desde uno con el aspecto de los primeros diseños de la serie para The Tracey Ullman Show hasta otro con la apariencia… ¡de Peter Griffin!, el protagonista de Padre de familia (Family Guy, Seth MacFarlane, 1999-…), serie tan odiada por Matt Groening por considerarla una mala copia (un clon defectuoso) de su creación—. Lisa encontrará la solución: unos helicópteros del ejército llevarán colgando unas rosquillas gigantes —a ritmo de La cabalgata de las Valkirias de Wagner, como en Apocalypse Now (Id., Francis Ford Coppola, 1979)— para atraer a la invasión hacia un precipicio por el que se despeñarán. Pero el Homer que Marge creía el genuino es en realidad una copia —el original también corrió detrás de los gigantescos donuts, por supuesto—, aunque no lo sentirá demasiado, pues el nuevo será más atento que aquel con el que se casó.
El siguiente cuento de terror, The Fright to Creep and Scare Herms, será otro episodio en el que la prohibición de armas trae trágicas consecuencias, en este caso la resurrección de famosos pistoleros del far west, incluido el káiser Guillermo, que se une a ellos —lo cual nos hace preguntarnos cómo acabó este personaje histórico enterrado en Springfield—. Sin embargo, gracias a una máquina del tiempo Homer podrá regresar al pasado reciente para prevenir a sus convecinos, quienes así podrán atajar el problema. Lisa, taciturna, no podrá por más que pronunciar su contradictoria frustración: “Para esto sí que no tengo respuesta”.
Con la última de las historias, The Island of Dr. Hibbert, los creadores de la serie toman para sí el clásico de H. G. Wells La isla del doctor Moreau (The Island of Doctor Moreau, 1896), transformándolo en un relato con el mismo espíritu del original, aunque de moraleja seriamente distinta. La familia va de vacaciones a “la isla de las almas perdidas” —que, según Homer, tiene forma de “carita sonriente”, es decir, de calavera, pues siempre es incapaz de decodificar bien los peligros que a su alrededor le dan señales—. En dicha isla cada uno de los habitantes de Springfield ha sido modificado genéticamente por el doctor Hibbert, mezclándose su ADN con el de un animal al que se le puede parecer: Apu es una zarigüeya que lleva en su lomo a sus numerosos hijos, Bigurn es un cerdo, etc. Homer les llamará «manimales» —en referencia a la serie de televisión “Manimal” (1983)—, convenciéndose de que todos allí son felices con su nueva condición. Por eso el cabeza de la familia Simpson se ofrecerá voluntario para que la mutación también le atrape a él, convirtiéndose de esta manera en una modorra morsa mientras suena la sintonía de la serie La isla de la fantasía (Fantasy Island, Gene Levitt, 1978-1984) como colofón al olvido de sus monótonas y frustrantes vidas. Kang y Kodos lo observan todo desde el espacio, y lo que están viendo les recuerda a su experimento nº. 4 (?).